Nato il 7 aprile 1506 nel castello della sua nobile famiglia a Xavier in Navarra, Francisco de Jasso Azpilicueta Atondo y Aznares de Xavier, poco attratto dalla carriera militare, a 19 anni si reca a Parigi per gli studi universitari. Qui, nel 1529, incontra Ignazio di Loyola, con cui condivide la camera nel Collegio di Santa Barbara e il percorso spirituale.
Dopo aver vissuto gli Esercizi Spirituali, nel 1534 si aggrega al gruppo di giovani formatosi attorno a Ignazio (di fatto, la prima cellula della Compagnia di Gesù), con l’intento di partire per la Terrasanta.
Sfumato questo sogno, dopo essere stato ordinato sacerdote e aver insegnato per un anno nell’università di Bologna, nel 1541 parte per le Indie, in qualità di Nunzio Apostolico nominato da Papa Paolo III.
India, Taiwan, Malesia, Isole Molucche, forse addirittura le Filippine, e poi il Giappone: in poco più di 10 anni di missione, raggiunge ed evangelizza l’estremo oriente, percorrendo oltre 100.000 km in terra e in mare. Partendo dai rudimenti della fede e unendo alla dottrina cristiana la pratica della preghiera, traducendo i testi nelle lingue locali e utilizzando segni e simboli semplici ma efficaci, si calcola che abbia battezzato in quegli anni circa 30.000 persone.
Mentre sta preparando la nuova missione in Cina, sull’isola di Shangchuan viene colpito dalla polmonite, che lo porta alla morte il 3 dicembre 1552. Il suo corpo viene trasferito a Goa, in India, dove tutt’ora si trova, nella chiesa del Bom Jesus.
Fu canonizzato insieme a Ignazio di Loyola nel 1622 da Gregorio XV. Dal 1748 è patrono dell’Oriente cristiano. Pio X lo proclama patrono dell’Opera della Propagazione della Fede nel 1904. Dal 1927 è patrono delle missioni insieme a santa Teresa di Lisieux.
Figura di missionario audace e tenace, considerava terreno della sua missione il contesto dove si trovava al presente, anche durante i viaggi, anche in nave: non era mai in viaggio verso la sua missione, ma era sempre in missione.