Nato a Brescia il 3 febbraio 1886, vestì l’abito serafico dei Cappuccini nel 1904 a Lovere, ed emise la professione temporanea a Bergamo nel marzo 1906 e quella solenne a Cremona nel 1909. Fu ordinato sacerdote dal card. Ferrari il 6 agosto 1913. Il maestro dei novizi p. Gianfrancesco da Cassina Ferrara lo volle ad Albino come suo vice maestro. Scoppiata la guerra dovette servire un magazzino militare a Milano fino al congedo. Nel settembre 1920 pote’ finalmente realizzare il suo desiderio e si recò con altri confratelli nella Missione del Maranhão in Brasile. Giunto a Canindé, p. Emiliano vi rimase per un anno impegnandosi molto nell’inculturazione. Fondata la nuova prelazia di S. José di Grajaù da Pio XI il 10 febbraio 1922, p. Emiliano fu uno dei primi missionari scelti per l’evangelizzazione di quel territorio. A Carolina ebbe subito il difficile incarico della “desobriga”. Il 10 gennaio 1930 Pio XI lo promosse titolare della Chiesa di Epiphania in Cilicia e lo nominò Prelato “Nullius Dioeceseos” di S. Giuseppe di Grajaù in Brasile, la cui prelatura resse come Amministratore fino dalla morte di mons. Roberto Colombo avvenuta nel 1927. Ricevette la consacrazione episcopale l’8 giugno 1930 nel duomo di Brescia da mons. Giacinto Gaggia. Ritornato in Brasile iniziò nel gennaio del 1931 la sua attività come vescovo prelato. La prelazia di Grajaù era come un “deserto nel deserto” e comprendeva un immenso territorio: 200 mila abitanti, duemila indios nelle foreste e sui monti, duecento lebbrosi affidati alla cura di un medico cappuccino, nove parrocchie affidate a quindici sacerdoti, il tutto su un territorio vasto come la Lombardia e il Piemonte messi insieme, senza vie di comunicazione. Mons. Lonati diede una solida impronta parrocchiale ai vari centri e in dieci anni eresse sei nuove parrocchie, costruì la cattedrale di Grajaù, fondò educandati per fanciulle a Carolina, Imperatriz, Barra do Corda, Tuntum, Presidente Dutra, Esperantinopolis, e una scuola per ragionieri a Carolina e a Presidente Dutra e un ginnasio a Grajaù e a Barra do Corda. Nello stesso periodo accanto alle parrocchie fece sorgere varie opere sociali: ambulatori con medici finanziati dal vescovo, scuole di arti e mestieri, saloni parrocchiali per adunanze. Nel 1950 iniziò la costruzione di un ospedale, l’unico esistente nella vasta Prelazia, affidato al Servo di Dio P. Alberto Beretta. Diede forte impulso alla catechesi degli indi, con l’aiuto di vari missionari. Una intensa attività svolta con grande umiltà e profondità spirituale. Caldeggiò l’erezione di una nuova prelazia con territorio distaccato da quello di Grajaù e lui stesso introdusse nella nuova Prelazia di Carolina mons. Cesario Minali, suo indimenticabile segretario. Consegnò poi come preziosa eredità a mons. Bossi la Prelazia di Grajaù che egli aveva governato per 38 anni: due come Vicario capitolare e 36 come Vescovo-Prelato.
Rimasto a Grajaù, sembrava la salute in persona, lucido di mente e amabile nella conversazione. La mattina del 29 settembre 1971, inaspettatamente, rese la sua anima a Dio, silenziosamente, senza disturbare nessuno.